2138 год. Виртуальная реальность развивается семимильными шагами, и в это же время популярная онлайн-игра «Иггдрасиль» неожиданно закрывается. Момонга, главный герой истории, решает не выходить из игры до полного отключения серверов. Но произошло невероятное: сервер не прервал подключение, игра продолжилась, а Момонга превратился в могущественного скелета-волшебника. Мир начал расширяться, а NPC-персонажи — испытывать эмоции. Не имея родителей, друзей и места в обществе, Момонга решает не пытаться найти выход из игры, а остаться в ней, управляя Великой Гробницей Назарик.
Великий и могущественный Айнз Ул Гоун узнаёт от Демиурга, что его подчинённые во главе с последним хотят для него захватить весь мир. Тем временем группа работников была послана на миссию по исследованию Великой Гробницы.