События манги происходят в Неодомино спустя некоторое время после истории Юги Муто и Юки Джудая. Теперь новая форма дуэлей — скоростные дуэли — происходят на мотоциклах Д’Виллях. Хотя обычные схватки все еще существуют, скоростные дуэли обрели большую популярность. В центре истории новый герой — Юсей Фудо.
В манге описаны события, которых нет в аниме.