После приключений Юги прошли годы, теперь настала очередь Юки Джудая. Юки Джудай — новый ученик Дуэльной Академии, школы, где дуэлянтов обучают основам и новым стратегиям в бою. Он полон решимости стать сильнейшим дуэлянтом мире, поэтому бесстрашно принимает вызовы от своих соперников и друзей.
В манге описаны события, которых нет в аниме, — в этом смысле ее можно считать оригинальным произведением.