Муто Юги победил Пегаса в Королевстве Дуэлянтов. Теперь наследник Пегаса, Тенма Яко, хочет отомстить. Пока Кайба Сето находится в Америке, он берет под контроль Kaiba Corporation.
Яко вызывает Юги на дуэль и побеждает, используя эффектную, но таинственную карту бога, а затем похищает Анзу! Поэтому у Юги нет другого выбора, кроме как принять его вызов. Он должен пройти поединок против тринадцати карточных знатоков в KC, чтобы добраться до Яко и победить его.